UNIL
le savoir vivant
Vous êtes ici: UNIL > L'enseignement > Fiche de cours
Français | English   Imprimer   

Fiche de cours

Génome bactérien et évolution

Bacterial Genomes and Evolution

Faculté de gestion: Ecole de biologie (FBM-BIO)

Responsable(s): Gilbert Greub

Période de validité: 2014 -> 2014

Pas d'horaire défini.

Cours

Semestre de printemps
8 heures par semestre

Langue(s) d'enseignement: anglais
Public: Non
Crédits: 0
Nombre de participants: maximum 40

Objectif

L'objectif de cet enseignement est de permettre aux étudiants de- se familiariser avec la génomique microbienne. Plus particulièrement, ce cours permet aux étudiants :
- de connaître les limites et avantages des diverses techniques de séquençage utilisées en génomique, ainsi que les diverses approches utiles à l'assemblage des contigs et au comblement des gaps
- de connaître les applications de la génomique en microbiologie
- de comprendre les principaux mécanismes impliqués dans l'évolution des génomes microbiens
- d'apprécier l'importance de la génomique pour la compréhension de la biologie des bactéries et plus particulièrement d'Escherichia coli, des mycobactéries et des Chlamydia
- d'apprécier l'importance des virus géants et de la disponibilité de leurs génomes pour la compréhension de l'évolution de ces microbes et des échanges génétiques survenus entre bactéries, virus et eucaryotes
- de connaître les limites et avantages des approches de métagénomiques microbiennes

Contenu

- Introduction (historical perspective, increasing numbers of microbial genomes, size of genomes,...)
- Approach to microbial genomes sequencing (Sanger vs Illumina vs 454 pyrosequencing; including our own experience with all three technologies)
- Applications of microbial genomes sequencing.( identification of immunogenic proteins, of target for molecular diagnostic approaches and for typing methods, use for taxonomic purposes, to understand the biology of symbionts, identification of virulence traits,...)
- Bacteriophages and bacterial genomes
- Importance of genomic islands in microbial virulence, biology and evolution
- Postgenomic view of E. coli (nucleoid proteins of E coli, ori/ter + DnA box,...)
- Genomic of intracellular bacteria (Mycobacteria, Rickettsia)
- Chlamydial biology revisited thank to genomic data (replication, tryptophan operon, ...)
- Genome of the Bradford coccus and of other giant viruses
- Environmental and human metagenomics

Bibliographie

- Fournier PE, Drancourt M, Raoult D. Bacterial genome sequencing and its use in infectious diseases. Lancet Infect Dis. 2007.
- Stephens RS, Kalman S, Lammel C, Fan J, Marathe R, Aravind L, Mitchell W, Olinger L, Tatusov RL, Zhao Q, Koonin EV, Davis RW. Genome sequence of an obligate intracellular pathogen of humans: Chlamydia trachomatis. Science. 1998
- Armougom F, Raoult D. Use of pyrosequencing and DNA barcodes to monitor variations in Firmicutes and Bacteroidetes communities in the gut microbiota of obese humans. BMC Genomics. 2008.

Exigences du cursus d'études

Aucun

Canton de Vaud
Swiss University
Unicentre  -  CH-1015 Lausanne  -  Suisse  -  Tél. +41 21 692 11 11  -  Fax  +41 21 692 26 15