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Fiche de cours

Introduction à la bioinformatique

Introduction to Bioinformatics

Faculté de gestion: Ecole de biologie (FBM-BIO)

Responsable(s): Marc Robinson-Rechavi
Intervenant(s): Marc Robinson-Rechavi

Période de validité: 2018 -> 2018

Horaires du cours (Apériodique)

Date Lieu Remarque Thématique Intervenant(s)
11.04.2019 de 13:15 à 14:00 Biophore/AMPHI, Génopode/BNous vous prions de prendre note que l'enseignement a lieu au BIO/AMPHI.    
18.04.2019 de 13:15 à 14:00 Biophore/AMPHI, Génopode/BNous vous prions de prendre note que l'enseignement a lieu au BIO/AMPHI.    
02.05.2019 de 13:15 à 14:00 Biophore/AMPHI     
09.05.2019 de 13:15 à 14:00 Biophore/AMPHI     
16.05.2019 de 13:15 à 14:00 Biophore/AMPHI     
23.05.2019 de 13:15 à 14:00 Génopode/B     

Cours

Semestre de printemps
6 heures par semestre
Apériodique
Langue(s) d'enseignement: français
Public: Oui
Crédits: 1.50

Objectif

Comprendre les principes de la bioinformatique, et acquérir une maîtrise basique des outils les plus courants.

Contenu

Définition de la bioinformatique, utilité
Bases de données (GenBank, Swissprot)
Matrices d'évolution de séquences protéiques (BLOSUM, PAM)
BLAST
Alignement de séquences
Principes de base de la phylogénie

TP sur moodle : clé "bioinfo"

Evaluation

L'examen est sous la forme d'exercices et de questions à répondre sur ordinateur. Il sera dans moodle, dans un format proche des exercices.

Tous les documents du cours et notes manuscrttes sont autorisés ; les livres ne sont pas autorisés.

Une question bonus permettant de gagner 1 point supplémentaire porte sur la théorie non couverte en cours mais disponible par documents fournis.

Bibliographie

Bioinformatics and Molecular Evolution
Paul Higgs and Teresa Attwood
Blackwell Publishing

Exigences du cursus d'études

Principe de base transcription, traduction (code génétique)
ce qu'est le site actif d'une protéine
ce qu'est la sélection naturelle
une idée de la phylogénie du vivant
maths : calcul matriciel, équations différentielles
bases de programmation en Python

Informations supplémentaires

http://moodle2.unil.ch/course/view.php?id=5129

UtilisationCode facultéStatutCrédits
Biologie - Etape 2 : Modules 2 à 7 : 2e et 3e années (2012 ->) ›› Sous-module thématique 8 : Microbiologie - GénétiqueObligatoire1.50
Canton de Vaud
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