Fiche de cours
Phylogénie et méthodes comparatives
Phylogeny and Comparative Methods
Faculté de gestion: Ecole de biologie (FBM-BIO)
Responsable(s): Nicolas Salamin
Pas d'horaire défini.
Cours
Semestre de printemps
7 heures par semestre
Langue(s) d'enseignement: anglais
Public: Non
Crédits: 0
Objectif
1) Connaître et comprendre les méthodes de reconstructions phylogénétiques
2) Pouvoir utiliser les arbres pour tester les processus d'évolution des gènes et des organismes
Contenu
Les sujets abordés durant le cours et les exercices sont les suivants:
I. Méthodes de reconstruction
- Qu'est qu'un arbre phylogénétique et comment l'interpréter
- Méthodes de reconstruction:
a) critères d'optimisation et modèles d'évolution
b) recherche de l'arbre optimum
c) méthodes Bayesienne
- Comment être sûr d'avoir le bon arbre?
II. arbres phylogenetiques comme outil
- Détection de sélection positive dans un gène codant
- Tests de co-évolution et co-spéciation
- Macro-évolution:
a) dater les temps de divergence
b) mode et tempo d'évolution spécifique
c) test d'innovations clé
- Phylogénie et conservation
Bibliographie
Felsenstein, J. 2003. Inferring phylogenies. Sinauer Associates.
Page, R. 2003. Tangled trees: Phylogeny, cospeciation, and coevolution. University of Chicago Press.
Purvis, A., Gittleman, J.L. and Brooks, T. 2005. Phylogeny and conservation. Cambridge University Press.
Swofford, D.L., Olsen, G.K., Waddell, P.J. and Hillis, D.M. 1996. Phylogeny reconstruction. Pages 407-514 In Molecular Systematics (D.M. Hillis, C. Moritz, B.K. Mable, eds.). Sinauer Associates.
Yang, Z.H. 2006. Computational Molecular Evolution. Oxford University Press.
Exigences du cursus d'études
aucun
