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Fiche de cours

Biochimie appliquée des protéines

Applied Biochemistry of Proteins

Faculté de gestion: Ecole de biologie (FBM-BIO)

Responsable(s): Pierre Goloubinoff, Julia Santiago Cuellar

Période de validité: 2019 -> 2019

Pas d'horaire défini.

Travaux pratiques

Semestre d'automne
20 heures par semestre

Langue(s) d'enseignement: français
Public: Non
Crédits: 0

Objectif

Le cours est destiné à fournir aux étudiants les bases de la biochimie des protéines.

Contenu

* Introduction générale
* Structures et fonctions des protéines
* Méthodes d'analyse des protéines
* Notions d'enzymologie

Structure :
Les acides aminés, la liaison peptidique
Le diagramme de Ramachandran
Hélices , feuillets , tournants
Les structures tertiaires.
Les motifs et domaines protéiques, familles structurales
La structure quaternaire des protéines.
L'évolution des oligomères. L'échanges de domaines.
Analyse détaillée de la structure-fonction de l'hémoglobine.
Le pliage et malpliage des protéines
Les maladies de malpliage protéique, le role des chaperonnes et des protéases

Les protéines membranaires:
Types de membranes, composition. Type d'encrage protéique
Structure et fonction de certains canaux et transporteurs
Prédictions des hélices trans-membranaires.
Méthodes pour estimer l'interaction protéine/membrane
Les lipides comme capteurs de température
La technique AFM et les radeaux membranaires

Méthodes de purification et d'analyse biochimiques des protéines
Homogénéisation, centrifugation, fractionnement cellulaire.
Gradients de densité, effets des sels, dialyse, ultrafiltration,
Chromatographie: échangeurs d'ions, tamisage moléculaire, affinité.
PAGE. Focalisation électrique. 2D-PAGE. Western blot.
Tests enzymatiques d'activité. Exemple Purification de la SBE
Séquençage des protéines. Identification MALDI-TOF
Détermination des structures secondaires et tertiaires
Méthodes de détermination des structures (rayons X, NMR,
Microscopie électronique).
La protéomique: comment, pourquoi.

Notion d'enzymologie
Les cofacteurs enzymatiques
Les six classes d'enzymes: exemples
L'activité enzymatique. Le site actif. Enzymologie et thermodynamique
Cinétiques enzymatique: Michaelis-Menten, transformation Lineweaver-Burk
Types d'inhibitions, Régulation de l'activité enzymatique.
Enzyme allostériques.
Evolution des protéines. Evolution dirigée des protéines.

Travaux pratiques - 28 h :
En 7 séances, les manipulations se limiteront à l'essentiel, en l'occurrence à la purification des protéines (exemple d'une enzyme) et des acides nucléiques (avec dans ce cas quelques éléments de biologie moléculaire). En cela, les TP illustreront aussi bien les notions de Biochimie générale acquises en 1re année que le cours de Biochimie des protéines de 2e année.

Manipulation I : Protéines (calibrage d'une colonne de filtration sur gel Sepharose CL-6B, éléments d'échange d'anions et de SDS-PAGE)
Manipulation II : Protéines (colonne de filtration sur gel Sephadex G-200)
Manipulation III : Protéines (colonne échangeuse d'anions DEAE-Sepharose CL-6B et dosages Bradford)
Manipulation IV : Protéines (gel «SDS-PAGE» et «western blotting»)
Manipulation V : Protéines (activités enzymatiques)
Manipulation VI : Acides nucléiques («Mini-prép»)
Manipulation VII : Acides nucléiques (enzymes de restriction)

Bibliographie

Principles of Biochemistry (Lehninger) Fourth edition. Nelson & Cox. W. H. Freeman and Company New York 2005

Accéder au plein texte (imprimé et/ou électronique) via la Bibliothèque cantonale et universitaire - Lausanne, site Unithèque:

1. Nelson DL, Cox MM, Lehninger AL. Lehninger Principles of Biochemistry. 7th ed (international edition). W.H. Freeman; 2017. [Lien RenouVaud]

Exigences du cursus d'études

Cours de Biochimie générale

Canton de Vaud
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