Research directions
HIV-host cell interaction
Our field of expertise is fundamental virology, in particular human immunodeficiency virus (HIV) and its interaction with the host cell. Our ultimate goal is to contribute to the identification of new therapeutic strategies aiming at eradicating HIV.
In particular, we are interested in :
(i) HIV replication dynamics (analyses of the transcriptome, epitranscriptome, proteome and phosphoproteome during HIV progression throughout the host cell),
(ii) Viral genome integration in the host cell genome (proteins involved in HIV integration, integration site selection, genomic features of integration sites and impact on viral expression),
(iii) HIV latency (transcriptome analyses of primary CD4+ T cells, entering or exiting latency upon reactivation with different stimulating compounds, both at population and single-cell level),
(iv) Host innate immunity (identification and characterization of HIV restriction factors).
Le VIH dans tous ses états
Le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) est l'agent infectieux responsable du SIDA. Tout au long de son cycle de réplication, le VIH utilise la machinerie cellulaire. Il arrive ainsi à pénétrer dans la cellule, à s'intégrer dans son génome, et à fabriquer de nouvelles particules virales. Le VIH a développé plusieurs stratégies afin de se reproduire efficacement et promouvoir sa réplication, en exploitant les ressources de la cellule-hôte à son avantage d'une part et en bloquant les systèmes de défense (immunité innée) de la cellule-hôte d'autre part.
Aujourd'hui, il existe un traitement antiviral efficace permettant de bloquer la progression de la maladie, faisant passer le VIH du statut d'infection mortelle à celui d'infection chronique. Toutefois, ce traitement ne permet pas l'élimination du virus, qui persiste malgré tout dans l'organisme, impliquant une prise à vie du traitement. Ces réservoirs viraux, constitués entre autres de cellules T CD4+ infectées de manière latente, sont considérés comme étant un obstacle majeur à la guérison des individus VIH+.
C'est dans ce contexte que s'inscrit notre recherche dont le but principal est une meilleure compréhension de la biologie du VIH, et l'identification de nouvelles stratégies thérapeutiques visant à l'éradication du VIH. Plus spécifiquement, nous nous intéressons à l'interaction entre le VIH et sa cellule-hôte sous les quatre aspects suivants:
(i) La dynamique de réplication du VIH (analyses de type «omic»).
(ii) L'intégration du génome viral dans le génome de la cellule-hôte (protéines
impliquées, sites d'intégration).
(iii) La latence du VIH (analyses du transcriptome de cellules T CD4+ primaires, latentes, au niveau population et au niveau «single-cell»).
(iv) Immunité innée de la cellule-hôte (identification et caractérisation de facteurs de restriction du VIH).
Les projets de master sont établis sur la base des projets en cours.
